Amber 24 / PMEMD 安装

源码安装，时间较久。Amber 是授权软件。现场笔记里这一步是内网 wget；公开站不放那个地址，改成从 Amber 官方渠道拿到同样的 pmemd24.tar.bz2，后面 tar、CMake、检查命令不变。路径按 /opt/software/amber/amber24 示例。

依赖

sudo dnf groupinstall -y "Development Tools"
sudo dnf install -y tcsh cmake gcc gcc-c++ gcc-gfortran flex bison patch wget \
  libX11-devel libXext-devel zlib-devel bzip2-devel openblas-devel lapack-devel \
  fftw-devel netcdf-devel netcdf-fortran-devel readline-devel
sudo dnf install -y kernel-devel kernel-headers

有 GPU 时建议 CUDA 12.x。

export AMBERHOME=/opt/software/amber/amber24
mkdir -p "$AMBERHOME"
cd "$AMBERHOME"

解压源码

现场笔记写「自己找源码包」，然后是内网 wget。授权渠道拿到同名包后再接：

# wget <授权渠道拿到的 pmemd24.tar.bz2>
tar -jxvf pmemd24.tar.bz2 -C "$AMBERHOME"

用 CMake 配置和编译（GPU，需 CUDA）

cd pmemd24_src
cd build
vim run_cmake

把安装前缀和 GPU 开关打开（原文是改 run_cmake 里这几行）：

# 设置安装前缀路径
AMBER_PREFIX="/opt/software/amber/amber24"
# 在 Linux 参数里打开：
-DCUDA=TRUE

生成 Makefile：

./run_cmake

并行编译：

make -j$(nproc) install

编挂了可以清掉重来：

./clean_build

环境变量与检查

source /opt/software/amber/amber24/pmemd24/amber.sh
pmemd --version
pmemd.cuda --version

可执行文件与 amber.sh 的实际路径以安装结果为准。

AmberTools（conda）

分析工具可与 PMEMD 分开：

conda create -n ambertools24 -c conda-forge ambertools=24 compilers -y
conda activate ambertools24
sander --version
cpptraj --version