技术文章
Linux / GPU / HPC 安装与排障笔记。按科研软件、集群、依赖与工具链分开。仅展示已发布内容。
科研软件
- CP2K 2026.1 安装（CMake）
2025.2 之后改用 CMake。toolchain 编完后，DBCSR 版本号对不上是常见坑。
- Quantum ESPRESSO 7.4.1 安装
CMake + MPI 编译。external 仓库下载失败时，残留目录会导致脚本跳过。
- LAMMPS 22Jul2025 安装
Rocky 9 要先开 CRB 才能装 OpenBLAS。常用 package 按需 yes-，不要默认 yes-all。
- OpenFOAM v2012 安装
Allwmake 之后，simpleFoam 和 decomposePar 有时要单独 wmake。
- GROMACS 2025 安装
官方源码 + CMake。GPU 版建议较新的 CUDA；CPU / GPU 的安装前缀不要抄串。
- VASP 6.4.2 编译与作业提交
Intel / AMD 两套 makefile。并行编译要改 dependencies，OBJECTS_O1 需带上 symlib.o；作业里 ulimit -s unlimited。
- Materials Studio 在 Linux 集群上的安装要点
Rocky 上常缺合格的 lsb_release；Gateway 监听、License 主机名和队列核数要按集群改。
- Gaussian 16 与 GaussView 环境
授权安装包解压后配 g16root / GAUSS_SCRDIR。多用户共用时用系统组管权限。
- Amber 24 / PMEMD 安装
源码走 CMake，GPU 建议 CUDA 12.x。AmberTools 可另用 conda 装一套做分析。
- CP2K 2025.1 安装（Makefile）
用官方 toolchain 编依赖，再 make ssmp / psmp。2026 起请看 CMake 那篇。
- AutoDock Vina 源码编译
Linux 下编译时去掉 Makefile 里对 Boost 的 -static，否则很容易链失败。
- VESTA（GTK3）在 Linux 上运行
官方包不带 GTK3 运行库。缺 libgtk-3.so.0 时先装发行版 GTK3，RHEL7 默认不够新。
- Nektar++ 5.1 编译
指定 GCC / MPI 包装器，Boost 和 TinyXML 用系统库，避免第三方重复编崩。
- OpenMolcas 与 Global Arrays
先编 GA，再 CMake 编 OpenMolcas。必须指定 Intel MPI 的 Fortran/C/C++ 包装器，否则会落到 gfortran。
- 从源码编译 R，并安装 RStudio Server
要最新 R 就走源码。RStudio Server 默认 8787，按内网策略放行，不要一上来关掉 SELinux。