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GROMACS 2025 安装

官方源码 + CMake。GPU 版建议较新的 CUDA；CPU / GPU 的安装前缀不要抄串。

2026-09-12 · 科研软件 · GPU / CUDA · HPC / 集群

GPU 建议装较新的 GROMACS，实践中 2025 搭配 CUDA 12.8 一类较顺。源码：GROMACS FTP。

CMake 过旧时先升到 3.28 左右（文末有这一步）。

1. 编译依赖

sudo yum install -y gcc gcc-c++ perl cmake tar wget bzip2
sudo yum groupinstall "Development Tools" -y

2. 下载

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2025.0.tar.gz

3. 官方示例编译

tar xfz gromacs-2025.0.tar.gz && cd gromacs-2025.0
mkdir build && cd build

CPU：

cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs-2025.0/gromacs-2025.0-install

GPU + MPI（编译器要用 MPI 包装器，CUDA 路径改成实际 Toolkit）：

cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=CUDA \
  -DGMX_MPI=ON \
  -DGMX_USE_MUPARSER=INTERNAL \
  -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \
  -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \
  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.8 \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs-2025.0/gromacs-2025.0-install

现场笔记 GPU 那条 CMAKE_INSTALL_PREFIX 写成了 /opt/software/gromacs-2023.5/gromacs-2023.5-install。命令还在，前缀要和当前源码版本对齐，不要 CPU 写 2025、GPU 写成另一个旧版本目录。上面已改成 2025 的嵌套 install 目录，和 CPU 那条一致。

make -j$(nproc)
make install

加载环境（或写入 ~/.bashrc）：

source /opt/software/gromacs-2025.0/gromacs-2025.0-install/bin/GMXRC
# 或者：
echo 'source /opt/software/gromacs-2025.0/gromacs-2025.0-install/bin/GMXRC' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

验收

gmx --version
gmx_mpi --version
gmx_mpi mdrun -nb gpu -version

MPI+GPU 时二进制名可能是 gmx_mpi。

更新 CMake（建议 3.28）

现场笔记里这一步是内网 wget。公开站不放那个地址，改成从 Kitware 拿到同样的 cmake-3.28.3-linux-x86_64.sh，后面 sh 和 PATH 不变：

# wget <官方 cmake-3.28.3-linux-x86_64.sh>
sh cmake-3.28.3-linux-x86_64.sh --skip-license --prefix=/usr/local
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
hash -r
cmake --version